在黄昏雪中的某个教会，伊达京介被不知被什么人袭击即将断气的母亲亲手刺中心脏——这就是一切的开端。被误认为死去而被埋葬的京介，被美少女岬真夜从墓中掘出，而真夜却又被拥有世界级科技水平的大型跨国企业桐原集团绑架，京介自己也被神秘的变异人组织Hospital的刺客袭击。在陷入窘境的京介面前又出现了神秘男子壬生士郎，他告诉了京介出生后就被分开的双胞胎妹妹，以及她的分身Flicker的存在，而真夜即是Flicker中的一个。母亲的死和妹妹的谜团萦绕在京介脑中不知其解。为了救出真夜，京介与士郎一同闯进了桐原集团的海上

数亿年前的超古代，有着比现代社会更加发达的具有高度文明的人类。然而，极度繁荣的社会却遭到“宇宙聪明”的野蛮攻击。超古代人类及其文明也在转眼间灰飞烟灰……数亿年后的现代，堀品博士一次偶然的机会，从超古代遗留下来的“情报传递”装置——记忆水晶板中得知，人类遭受毁灭之前，超古代人就已经制造出具有人类最强大力量的机器人“超星神”了，并将能驱动它的力量的超古代遗传因子分别遗传在对应十二星座的十二名格兰赛沙的战士中。地球危机再度降临，风族、火族等十二名格兰赛沙战士也相继觉醒了，无敌机器人“超星神”也正式启动.....

某一天，一颗陨石坠落地球，引发不可思议的时空扭曲。穿越时空隧道出现的，是来自40年后的未来假面骑士波塞冬（滨田贤二 饰）。与其它伙伴相比，这是一个好战求胜的战争狂，他发誓要打败所有现代的假面骑士。以此为契机，火野映司（渡部秀 饰）、后藤慎太郎（君岛麻耶 饰）和伊达明（岩永洋昭 饰）暂时告别普通人生活，挫败波塞冬的野心，并救回失踪良久的安库（三浦涼介 饰）。与此同时，邪恶组织财团X利用陨石带来的宇宙生命之种展开邪恶计划。为了保卫地球和宇宙，史上最强大的假面骑士部队集结于此……本片为假面骑士系列40周年纪念作