不可思议的事情发生了······小马利亚失去了魔力！陆马、独角兽和飞马不再是朋友，如今只有同种族的小马才会待在一起。但理想主义的年轻陆马桑尼决心找到一种方法，让世界重新拥有魔法并变得像以前一样团结。她与性格开朗的独角兽伊兹一起前往遥远的国度，在那里她们遇到了富有魅力且勇敢的飞马皮璞和齐璞，以及使命感满满的陆马希区烈焰。他们在完成任务的过程中遇到了诸多困难，但每一位新的好朋友都有自己独一无二的天赋，这可能正是小马利亚恢复魔法所需要的东西，并证明了小马也能带来大改变。

暗吉尔，埃塔格…过去的宿敌不断复苏！ 还有谜一样的邪恶奥特曼，黑暗艾克斯和黑暗捷德登场！

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本作设定在第一部剧情结束八到十年之后的世界中展开，讲述少年游城十代报名参加决斗学院考试，并在学院学习生活中发生的一连串故事。

游城十代在前往决斗学院实技测验的途中，偶遇了传说中的决斗者武藤游戏，并从他手中获得一张幸运卡“天使小精灵”。与此同时，一个名为七星的神秘团体出现了，它的目的是夺取被封印在决斗学院地底遗迹中拥有毁灭世界力量的三幻魔。游城十代及大德寺老师等人被选为遗迹的守护者，与七星展开了黑暗决斗。后来众人意外发现大德寺老师也是七星的成员之一，十代打败大德寺老师，彻底挫败了七星的阴谋，并得到贤者之石的卡片。三幻魔事件结束后，原来的伙伴们相继离开决斗学院，一众新生入学。游城十代受到“光之波动”的影响，无法进行卡牌决斗。之后，游

总北高中自行车竞技部所属的一年级生·小野田坂道，与同年级的今泉俊辅和鸣子章吉、三年级的金城真护、卷岛裕介、田所迅一同以“Team总北”的身份在全国大赛中出场。他们突破了与王者·箱根学园以及京都伏见等对手学校的激烈比赛，漂亮地获得了综合优胜。那样炎热的夏天也已过去，三年生即将引退，总北以“新世代”的队伍在全国大赛中连霸为目标，终于开始进发！

21世纪，一直以来隐藏在历史暗处的兽人们的存在开始为人所知。曾是普通人类的影森满，某天突然变成了狸兽人。她为了逃避人类而前往的兽人特区“动物都市”，是十年前兽人为了像兽人一样活着而建造的兽人专属的城镇。满在那里与厌恶人类的狼兽人·大神士郎相遇，并和他一起行动。在此期间，她学习到自己在人类世界所不知道的“兽人们”的烦恼、生活以及喜悦。满为何会变成兽人呢？就在追寻谜底的过程中，她自身也被卷入了意想不到的巨大事件当中。

很久以前，在某个岛屿上有一对鬼兄弟，他们带领鬼族向人们发起了攻击。人们奋力反抗，但总是失败。鬼兄弟拥有一块被称为“鬼令”的石头，拥有神奇的力量。在某次战役中，一位姑娘用弓箭把“鬼令”劈成了两半，成功地击退了鬼族。随着岁月的流逝，到了19世纪80年代。一位叫佑的东京少年，因为失去母亲，他从东京来到了住在乡下的奶奶身边。从小在城市长大的佑无法适应乡下的生活，总是被同学欺负。他希望有一天能再次回到东京，结果在无意中被一群可怕的家伙袭击了。关键时刻，天津四和新电王出现，救下了佑。因为时空的错乱，当年的鬼族再次出现