呼呼博物馆地下有一扇终止于此的门，汪汪警察逮捕了想破门而入的犯人，却出现了一辆可疑的车将犯人救走。这次事件的幕后主使是邪恶的股里亚蒂教授，他的目标是秘宝「帕兹」。为了抓住不择手段的冷酷罪犯股里亚蒂，屁屁侦探与国际警察组织的奥多莉搜查官一起合作调查。屁屁侦探在接连不断的谜案中展开推理，最后，股里亚蒂教授引发了一起动摇全镇的事件。

小五郎应京都寺院的邀请，前往京都调查寺内八年前佛像盗窃事件。寺院早前得到佛像下落的线索，是一件有不同图案的图画，提供给小五郎，以便尽快寻回佛像。同时间，东京、大阪和京都发生杀人事件，三个城市的警方调查后，发现事件中的死者都是盗贼团“源氏萤”的成员，毎人都有一个代名，以《义经》内的传统人物命名。服部亦因此事，前往京都调查杀人事件的真相。期间遇上柯南，两人一起调查两宗事件，发现两宗事件都有共同点，有助解开八年前佛像盗窃事件。在调查期间亦发生杀人案，服部因此而受袭，和叶亦因查找施袭者线索而被人挟持。